El origen del escudo de Baja California Sur está en el escudo heráldico de las Californias creado por cédula del virrey Antonio de Mendoza.
Cuando la Alta California fue anexada a los Estados Unidos el escudo fue suprimido, Más tarde, cuando el Territorio Norte de la península pasó a ser Estado Libre y Soberano, el Congreso del Estado convocó a un concurso para seleccionar un escudo de armas para el nuevo Estado. El estado de Baja California Sur heredó el escudo histórico.
